Reconocida como la más lujosa
Reconocida como la más lujosa biblioteca universitaria jamás concebida y como obra maestra del barroco europeo. Edificada entre 1717 y 1728 bajo la protección de Juan V, de ahí lo de Joanina. Es la primera construcción del complejo del palacio escolar que se sale fuera del perímetro de la muralla islámica. Se aprovecharon para su asentamiento los vestigios de la vieja prisión real.
De planta rectangular, esta adosada a la cabecera de la Capilla de San Miguel y abre hacia el patio su piso principal, correspondiente a las salas nobles a las que se accede por una monumental portada, flanqueada por columnas jónicas y rematada por un escudo real. En su interior espera una sucesión de tres dependencias, completamente revestidas de estanterías minuciosamente decoradas con motivos chinos, obra de Manuel da Silva. Los suelos y techos son de Antonio Simóes Ribeiro y Vicente Nunes. Al final de ellas encontramos el retrato del Rey promotor, obra del pintor de Domenico Duprá.